Organisation basée à Kyoto, elle fut crée en 1895 pour promouvoir les arts martiaux traditionnels et cultiver les vertus martiales. Les membres du premier conseil exécutif sont : le président  le Prince Komatsunomiya, le trésorier  Chiyaki Watanabe, le Gouverneur de Kyoto, et  le vice trésorier Mibu.
Les buts exposés du Butokai sont : la construction du Butoken qui est un grand hall martial dans l’enceinte du lieu saint  Heian à Kyoto ; afin de promouvoir les arts martiaux,  de collecter des armes  et leur  histoire ainsi qu’effectuer la publication d’un bulletin
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En 1989, la construction du Butokuden se termine et une salle martiale fut construite dans chaque préfecture.

En 1905, une école d’arts martiaux pour professeurs fut crée, elle deviendra plus tard le Budo Senmon Gakko (Collège d’arts martiaux). Le Butokai met au point un système de grade : les dan. Il codifie la pratique du Kendo et contribue à la modernisation des arts martiaux Japonais.
Pendant la deuxième guerre mondiale il passe sous le contrôle de l’état, après la guerre il fut dissout par l’armée d’occupation. Il revivra après la guerre sous une forme plus réduite.